Программно-целевой метод планирования выглядит довольно привлекательным, т. к. позволяет в значительной степени влиять на исследуемую ситуацию. Однако у него есть ряд существенных недостатков, которые рассмотрены ниже.

1. Методическая незавершенность.

К настоящему времени не создано чётких, устоявшихся определений по широкому кругу концептуальных положений разработки и реализации комплексных программ, отсутствует единая точка зрения исследователей на основополагающие понятия программно-целевого планирования и управления, соотношение плана и целевой комплексной программы. В результате приходится адаптировать программные методы к уже существующим методам планирования и управления. Всё это существенно ограничивает рамки применения программно-целевого подхода, который наиболее эффективен для решения хорошо изученных проблем, т. к. для них сравнительно нетрудно провести исследование по схеме "цель - система мероприятий – система управления".

2. Программно-целевое планирование используется, в основном, для совершенствования действующих систем управления, а не для решения новых проблем.

Эта ситуация также связана с недостаточностью научной базы по данному вопросу. Руководители программ при создании новых систем управления предпочитают действовать старыми проверенными методами, чтобы уменьшить риск. Однако это не всегда является оптимальным подходом, что не идет на пользу создаваемой программе.

3. «Забывчивость» систем управления.

Имеется в виду ситуация, когда на каком-то этапе своего развития системы управления начинают утрачивать связь с проблемами, для решения которых создавались. Специалисты связывают это с тем, что такая связь первоначально не была учтена в полной мере при создании системы, определении её границ, структуры, функций и т. д. Кроме того, часто наблюдается несоответствие затрачиваемых ресурсов социальной значимости проблемы, что не способствует ее успешному решению.

4. Отсутствие адекватных методик расчёта экономической эффективности программ.

В результате невозможно объективно обосновать необходимость создания программы и соответствующей системы управления для решения какой-либо конкретной проблемы.

5. Недостаточная оперативность.

Иногда с момента появления проблемы до момента реализации программы по ее решению проходят многие годы, в течение которых обществу наносится невосполнимый ущерб от игнорирования проблемы. Например, десятилетиями замалчивалась проблема охраны окружающей среды, пока наконец не были созданы специальные программы. Рано или поздно проблемы всё равно "всплывают на поверхность", однако очевидно, что чем раньше та или иная проблема будет обнаружена и решена, тем больший ущерб удастся предотвратить.

Таким образом, все недостатки программно-целевого планирования связаны с недостаточностью научной базы по данному вопросу. Следовательно, для оптимизации процесса программно-целевого планирования необходимы дальнейшие и более глубокие научные разработки в этой области.